区国安办接受吴中区委和苏州市国家安全局双重领导。区国安办具体负责区国家安全领导小组日常工作，业务上接受苏州市国家安全局指导。其主要职责为：
（一）负责开展全区国家安全人民防线工作
（二）负责开展《国家安全法》及相关法律的宣传教育工作
（三）负责搜集、排查、分析涉及国家安全和社会稳定的隐患和风险
（四）协助配合区委区政府做好群体性事件的预警和处置工作
（五）协助配合国家安全机关做好全区出国（境）人员的安全防范工作
（六）承担全区涉及国家安全事项的基础调研等工作